Sistemas alternativos de produção de base agroecológica incluem agricultura orgânica, agricultura biodinâmica, agricultura biológica, agricultura natural e permacultura.

A produção de alimentos e fibras promove o desiquilíbrio do ecossistema, pois envolve práticas e técnicas de plantio que prejudicam a fertilidade do solo, tal que esse tipo de agricultura é inviável do ponto de vista ambiental, social e econômico.

O avanço dos reflorestamentos com espécies dos gêneros Eucalyptus e Pinus tem gerado maior pressão sobre o uso da terra, acarretando concentração de monocultivos florestais consolidados em grandes produtores, como indústrias de celulose e papel e siderúrgicas, que possuem grandes áreas de plantios.

A energia de biomassa florestal no Brasil é produzida, em grande parte, a partir do carvão vegetal (combustão) e de lenha, cavaco e resíduos florestais (carbonização).

As oscilações nos preços dos combustíveis fósseis, a busca por maior segurança energética e o desenvolvimento tecnológico da exploração de recursos renováveis têm incentivado a geração de energia a partir da biomassa florestal oriunda de florestas plantadas.

Em sistemas integrados, as culturas agrícolas anuais tendem a gerar maiores produtividades no primeiro ano de consórcio com a espécie arbórea, havendo gradativa redução nos anos subsequentes, em razão do progressivo fechamento da copa da cultura arbórea e consequente redução da insolação nas culturas anuais.

Nos sistemas integrados adotados em regiões sem ou com pouca infraestrutura, com clima desfavorável e solos com baixa fertilidade, com pouca tradição agrícola e com restrições para uso de lavouras de grãos, deve-se verificar o zoneamento agrícola e restringir os cultivos a culturas mais rústicas e menos exigentes, a exemplo do milho.

O uso de pastagens em sistemas integrados acarreta aumento da produção de palhada para fins de plantio direto e consequente aumento na incidência de pragas, doenças e plantas daninhas em razão do aumento do teor de matéria orgânica do solo.

Os sistemas que integram atividades agrícolas, pecuárias e florestais em uma mesma área, seja sob a forma de cultivo, em sucessão ou em rotação, constituem estratégias de produção sustentáveis.

A rotação de espécies produtoras de grãos, com gramíneas para pastagem, é procedimento altamente indicado para a recuperação de áreas com solos degradados.