A eficiência do Sistema Nacional de Vigilância Epidemiológica depende do desenvolvimento harmônico das funções realizadas nos diferentes níveis. Quanto mais capacitada e eficiente a instância local, menor será a execução das medidas de controle.

As competências de cada um dos níveis do sistema de saúde (municipal, estadual e federal) abarcam todo o espectro das funções de vigilância epidemiológica, porém com graus de especificidade iguais, não ocorrendo diferenciação das funções e ações entre os níveis.

A vigilância epidemiológica tem como propósito fornecer orientação técnica permanente para os profissionais de saúde, que têm a responsabilidade de decidir sobre a execução de ações de controle de doenças e agravos, tornando disponíveis, para esse fim, informações atualizadas sobre a ocorrência dessas doenças e agravos, bem como dos fatores que a condicionam, numa área geográfica ou população definida.

A operacionalização da vigilância epidemiológica compreende um ciclo de funções específicas e intercomplementares, desenvolvidas de modo sem continuidade, permitindo conhecer, a cada momento, o comportamento da doença ou agravo selecionado como alvo das ações, para que as medidas de intervenção pertinentes possam ser desencadeadas com oportunidade e ineficiência.

As profundas mudanças no perfil epidemiológico das populações, no qual se observa o aumento das taxas de mortalidade por doenças infecciosas e parasitárias e a diminuição das mortes por causas externas e doenças crônicas degenerativas, têm implicado na incorporação de doenças e agravos não transmissíveis ao escopo de atividades da vigilância epidemiológica.