O grande número de conferências temáticas proposto na 12.ª Conferência Nacional de Saúde levou o Conselho Nacional de Saúde (CNS) a suspender as conferências temáticas ainda não realizadas até a 13.a Conferência Nacional.

Um dos problemas para o funcionamento dos conselhos é a infinidade de leis e normas sobre sua regulamentação, que são desconhecidas, em níveis municipal e estadual, e que permitem distorções e interferências de gestores e prefeitos, impedindo a participação popular.

Uma das metas do MS é possibilitar a educação permanente dos conselheiros, segundo as diretrizes aprovadas pelo CNS, a fim de que conheçam melhor a terminologia da saúde, a legislação, a história dos serviços de saúde e as relações de poder no SUS.

A Secretaria de Gestão Estratégica e Participativa do MS instituiu uma estrutura mínima para o funcionamento dos conselhos. Suas ferramentas fundamentais são as que permitem o acesso à Internet: computadores e provedores de acesso à rede. O objetivo dessa secretaria é criar uma rede nacional de intercâmbio entre os conselhos e as secretarias do MS.

A criação das comissões intergestores em 1993 veio consolidar o poder de decisão dos conselhos, na medida em que as comissões foram encarregadas da negociação, da pactuação, da articulação e da integração entre os diferentes níveis de poder de gestão, deixando que os conselhos se dedicassem exclusivamente ao planejamento, à organização e à administração da saúde local.

Apesar da importância dos conselhos de saúde e da ênfase do MS na descentralização e na municipalização, pouco menos da metade dos municípios já organizou seus conselhos, permanecendo a gestão do SUS a cargo das secretarias de saúde.

Antes da criação do SUS, as discussões sobre saúde estavam restritas aos profissionais de saúde e eram de cunho estritamente científico, inacessível aos leigos.

As forças construtoras do SUS não conseguiram transformar a lógica de distribuição dos recursos da saúde, que continuam fortemente orientados à atenção terciária (chamada de alta complexidade). Esse segmento continua concentrando a maior parte dos gastos em saúde, embora seja responsável por um terço dos atendimentos, aproximadamente.

A não discriminação de qual esfera de governo deve-se responsabilizar pela aquisição de fármacos e medicamentos tem levado a compras errôneas e não-planejadas desses itens, o que configura desperdício do dinheiro público.

A compreensão do princípio da integralidade como “dar tudo a todos” tem levado alguns juízes a obrigar o SUS a pagar por tratamentos e medicamentos dispendiosos e, algumas vezes, de eficácia ainda não comprovada.