Os papéis de trabalho podem ser utilizados para aferição do desempenho dos auditores, confrontando as ações realizadas com as definições prévias dos superiores.

O auditor não deve utilizar os papéis de trabalho elaborados por empresa concorrente, que lhe tenha antecedido, não só para manter a independência, como também para não colocar em risco a confiabilidade no serviço realizado.

Para definir a extensão dos papéis de trabalho, recomenda-se que o auditor leve em conta o que seria necessário para proporcionar a outro auditor que fosse efetuar pela primeira vez aquela auditoria específica a compreensão do trabalho realizado e as referências para as conclusões adotadas, mesmo sem conhecer os detalhes da auditoria executada.

O controle exercido sobre as entidades da administração indireta não pode comprometer a autonomia que as respectivas leis instituidoras lhes conferiram. Esses limites dizem respeito aos órgãos encarregados do controle, mas não aos atos de controle possíveis nem aos aspectos sujeitos ao controle.

As fundações governamentais, de direito público ou privado, estão sujeitas aos controles interno e externo; as de direito público não se submetem à fiscalização do Ministério Público.

As fundações públicas poderão contratar empresas privadas de auditoria, mediante autorização de seus conselhos diretores, se for demonstrado que se trata de alternativa menos onerosa. Nessa situação, é vedado à instituição manter unidade de auditoria interna.

As instituições de ensino superior integrantes da administração pública federal indireta deverão dispor de uma unidade de auditoria interna ou, pelo menos, de um auditor interno. Essa unidade ou esse servidor terá de se vincular ao conselho de administração, órgão de atribuições equivalentes ou ao dirigente máximo da entidade.

A recomendação de rotatividade de funções não exclui a obrigatoriedade de os funcionários gozarem férias regularmente. Ambas as providências reduzem as possibilidades de irregularidades, facilitam o processo de renovação e diluem a concentração de poderes individuais.

Considere que o órgão de controle interno de instituição de ensino superior fundacional da União tenha constatado que o dirigente de uma unidade da instituição mantém os recursos de um convênio com o MEC em aplicação financeira para prevenir atrasos ou insuficiência em outras transferências. Nesse caso, o órgão de controle deve solicitar diretamente ao TCU a instauração de tomada de contas especial, fato que será, então, comunicado à autoridade responsável.

Uma das formas como se manifesta a vinculação entre os controles interno e externo na administração federal consiste nas soluções de consultas formuladas pela Controladoria Geral da União (CGU) ao Tribunal de Contas da União (TCU).