O sistema de referência e contrarreferência é uma ferramenta de gestão que permite o controle de acesso e a responsabilização dos usuários ao cuidado oferecido, facilitando o acesso dos profissionais de saúde ao histórico completo de cada paciente. Todas as informações sobre o paciente são disponibilizadas em um banco de dados unificado do SUS, que permite verificar se o paciente está seguindo as orientações da equipe e respondendo positivamente aos encaminhamentos realizados. O sistema é desenvolvido com uma arquitetura de software escalável e segura, com recursos de proteção de dados e acesso controlado para garantir a confidencialidade e integridade das informações dos pacientes. Dentre as dificuldades em utilizar o sistema, está o tempo hábil para preencher e realizar consultas aos registros, devido ao grande fluxo de atendimentos diários, principalmente da atenção básica.

Comumente os profissionais de saúde limitam sua responsabilidade aos pacientes apenas durante o tempo em que estão presentes no ambiente físico do serviço de saúde onde trabalham, negligenciando sua responsabilidade antes e depois da visita do paciente ao serviço. Portanto, é crucial reconhecer o apoio matricial como uma estratégia complementar ao sistema de referência e contrarreferência.

O preenchimento do instrumento de referência e contrarreferência, aliado às assembleias gerenciais, são abordagens de trabalho projetadas para reduzir a fragmentação entre os serviços de saúde e os profissionais que neles atuam. Essas metodologias facilitam a comunicação, promovem a interdisciplinaridade e o compartilhamento de responsabilidades ao longo do tempo, garantindo a atenção integral aos pacientes e a coordenação de seus planos terapêuticos e contribuindo para a eficácia das intervenções em saúde.

Compreende-se que, embora diversos profissionais estejam envolvidos nos diferentes planos terapêuticos dos pacientes, é essencial estabelecer entre eles quem será o responsável por coordenar cada caso e direcionar os fluxos e contrafluxos de informação. Isso implica em ser o profissional de referência do caso, que deve assumir a responsabilidade por todas as especialidades envolvidas no cuidado ao paciente, chamando discussões de caso e fornecendo informações sobre o caso que transita pelo sistema de referência e contrarreferência.