O controle interno utiliza amostras cegas enviadas por entidade externa; o controle externo monitora estabilidade do banho de corantes do serviço.

O controle interno acompanha parâmetros do processo (reagentes, tempos e equipamentos); o controle externo compara desempenho entre laboratórios por painéis de proficiência e análise interlaboratorial.

O controle interno é eventual e depende de auditoria anual; o controle externo consiste em duplicar a leitura de todas as lâminas do turno.

O controle interno é opcional em métodos diretos; o controle externo dispensa rastreabilidade de lote e data das lâminas.