Em vírus de RNA de fita positiva [(+) strand], o RNA genômico e o RNA mensageiro (mRNA) são frequentemente distintos, exigindo múltiplos templates para produção das proteínas virais.

Os vírus de RNA de fita positiva sintetizam mRNA subgenômicos que são traduzidos em proteínas não estruturais, enquanto as proteínas estruturais são produzidas exclusivamente a partir do RNA genômico completo.

O processo conhecido como “stuttering” (repetição reiterada de nucleotídeos) ocorre exclusivamente em vírus de RNA de fita positiva para a adição da cauda poli(A) no RNA mensageiro.

Em vírus ambissenso, a síntese do RNA mensageiro ocorre apenas a partir do RNA genômico de fita positiva.

A síntese de RNA genômico completo em vírus de RNA de fita negativa [(−) strand] depende da regulação da interação entre proteínas do nucleocapsídeo e o RNA, que controla a transição entre a síntese de mRNA subgenômicos e do RNA genômico completo.