Algumas lesões colorretais pré-cancerosas e cânceres podem ser difíceis de detectar devido ao seu contorno ou localização. Lesões planas ou deprimidas podem ser difíceis de detectar por colonoscopia, mas são pelo menos tão propensas a representar lesões pré-cancerosas avançadas ou câncer colorretal quanto lesões elevadas ou polipoides.

Os riscos do procedimento de colonoscopia incluem a possibilidade de perfuração, sangramento grave e infecção. O risco de perfuração é aumentado por comorbidades, idade avançada, polipectomia e endoscopistas menos experientes. Em pacientes frágeis, o preparo intestinal pode causar desidratação ou distúrbios eletrolíticos.

Inicia-se o rastreio aos 50 anos em adultos com risco médio; esta abordagem equilibra os benefícios da detecção e prevenção com o fardo para o paciente e o risco de danos decorrentes do rastreio.

O momento da colonoscopia de vigilância subsequente é baseado nos resultados da primeira colonoscopia. Caso não sejam encontrados adenomas na primeira colonoscopia de vigilância, a próxima deve ser realizada entre cinco a dez anos.

A principal desvantagem da sigmoidoscopia é que ela examina apenas a porção distal do cólon. Quarenta e cinco por cento dos cânceres colorretais estão no lado direito do cólon e podem não ser detectados em uma sigmoidoscopia.