A sequência do genona proporciona uma base de dados que pode ser utilizada para a genômica comparativa, ou seja, para a comparação das funções gênicas, por meio da comparação dos genomas.

Genes relacionados entre si de modo semelhante, dentro de uma mesma espécie, são chamados de ortólogos.

Genes que ocorrem em diferentes espécies, mas possuem uma relação funcional e de sequência entre si, são chamados de parálogos.

A função proteica pode ser descrita em dois tipos: função fenotípica e função celular.