A área de atuação da Secretaria Federal de Controle Interno do Ministério da Fazenda abrange, além das funções de órgão central, todas as unidades e as entidades do Poder Executivo federal, excetuadas aquelas jurisdicionadas pelos órgãos setoriais, como o sistema de controle interno dos comandos militares, jurisdicionado pela Secretaria de Controle Interno do Ministério da Defesa.