foi implementado um auxílio do governador aos povos indígenas, que tiveram proteção das autoridades régias contra a escravização promovida pelos colonos, ficando legalizada a proibição dessa prática em solo baiano.

ficou estabelecido o fim das Capitanias Hereditárias, especialmente após o trágico episódio ocorrido com o donatário da capitania da Baía de Todos os Santos, Francisco Pereira Coutinho, morto pelos Tupinambás em Vila Velha, em 1546, em um ritual antropofágico.

passou a ser construída a Cidade do São Salvador, que foi projetada pelo construtor Luís Dias para funcionar como sede do Governo Geral na América lusitana, com prédios imponentes construídos na Cidade Baixa, devido ao fácil acesso ao mar.

houve a implantação de um sistema centralizado de poder, por meio do qual o Governador Geral, situado na Cidade do São Salvador, passava a fiscalizar e organizar a Colônia, sendo auxiliado pelo Provedor-Mor, Ouvidor-Mor e Capitão-Mor.

chegaram padres Jesuítas que foram os mais importantes missionários na atuação religiosa na Bahia, priorizando a formação educacional dos nativos e permitindo aos autóctones autonomia para permanecer com suas crenças e costumes.