Na prática clínica, trata-se de um diagnóstico preliminar, quando o clínico ainda não fechou o diagnóstico.

Atualmente, está bem estabelecido que este transtorno difere da esquizofrenia no que se refere às anormalidades cerebrais estruturais ou funcionais e aos fatores de risco genéticos.

Pacientes que têm episódio maníaco completo com dois meses de duração, mas sofreram sintomas de esquizofrenia por 10 anos, satisfazem os critérios para Transtorno Esquizoafetivo.

Para separar o transtorno Esquizoafetivo de um transtorno depressivo ou bipolar com características psicóticas, devem estar presentes delírios ou alucinações por um período de pelo menos 2 semanas na ausência de um episódio de humor.

O tipo depressivo do transtorno é mais comum em pessoas mais jovens do que nos mais velhos, e o tipo bipolar é mais comum em pessoas mais velhas.