O rol de causas extintivas da punibilidade previstas na parte geral do CPM é taxativo.

Se um militar, manejando imprudentemente uma pistola, com um só disparo matar um colega e ferir outro, a extinção da punibilidade do crime de lesões corporais não impedirá o aumento de pena de um sexto até a metade para o crime de homicídio culposo.

Seja o peculato doloso ou culposo, o ressarcimento do dano será causa extintiva da punibilidade.

Apesar da extinção da punibilidade, o fato persistirá como ilícito penal, gerando efeitos civis e criminais, como, por exemplo, ante a prática de novo crime, a possibilidade da reincidência e da negação do sursis ou a agravação da pena nos casos de delitos conexos.

No direito penal militar, a extinção da punibilidade não impede a aplicação de medida de segurança.