chefiou a comissão mista (brasileira e peruana) que ajudou a demarcar as fronteiras entre Brasil, Peru e Bolívia, publicando suas impressões sobre a experiência no livro Inferno verde.

como correspondente de Guerra do jornal O Estado de S. Paulo, escreveu muitos artigos alertando sobre os efeitos maléficos das armas de fogo para a preservação ambiental.

ganhou projeção e popularidade, publicando artigos sobre geologia e mineralogia na Gazeta de Notícias do Rio de Janeiro.

em seu livro mais famoso, Os sertões, ensaio-reportagem sobre a Guerra de Canudos, fez observações bastante precisas sobre o clima, a terra e a qualidade da água em diferentes regiões brasileiras, além de reflexões profundas sobre a influência do meio ambiente na formação do homem brasileiro.

participou ativamente das campanhas de esclarecimento sobre as doenças endêmicas dos trópicos, escrevendo vários panfletos em que cobrava do governo a obrigação de distribuir remédios e vacinas.