As aves de rapina apresentam trato gastrointestinal adaptado à dieta carnívora. O estômago encontra-se dividido em proventrículo e ventrículo, que, juntos, formam uma grande cavidade piriforme, com espaço para grandes pedaços de presas. Accipitriformes e Falconiformes apresentam suco gástrico com pH entre 1,6 e 1,7, permitindo que os ossos das presas possam ser digeridos. O material não digerido permanece retido no ventrículo, sendo regurgitado na forma de pelotas.

As aves de rapina de porte menor apresentam taxa metabólica e necessidades energéticas menores, apresentando menor capacidade de suportar períodos de jejum quando comparadas a aves de rapina de grande porte.

A estimativa do consumo diário de alimento pode ser expressa em porcentagem do peso corporal, sendo de 3,5-6% para aves de 100-200 gramas, de 7-11% para aves de 200-800 gramas, de 11-19% para aves de 800-1200 gramas e de 18-25% para rapinantes de 4-10 kg.

Níveis adequados de cálcio e fósforo não estão presentes na dieta natural das aves de rapina de vida livre, uma vez que a dieta baseada em ossos e tecidos apresenta relação Ca:P inadequada de 1,5:1. As deficiências e doenças ósseas metabólicas podem ser observadas em aves de rapina alimentadas com dietas exclusivamente à base de carne, sem ossos e vísceras, ou com presas que apresentam mineralização óssea insuficiente, como é o caso de camundongos imaturos e pintos de 1 dia.

Aves de rapina não são capazes de converter precursores de carotenoides à forma ativa da vitamina A. O fornecimento de presas inteiras é a maneira mais simples de prevenir a hipervitaminose A, podendo também realizar o fornecimento de fígado, gema de ovo e óleo de fígado de bacalhau como fontes suplementação de vitamina A.