Trata-se de um sistema integrado desenvolvido pela Secretaria de Orçamento Federal, baseado no SIAFI, para simplificar e uniformizar a execução orçamentária, financeira e contábil dos estados e municípios, de forma integrada.

A implantação do SIAFEM tem sido gradativa em função dos custos envolvidos, e vem acontecendo desde o exercício financeiro de 1987, quando entrou em operação.

Cabe ao SIAFEM integrar e compabitibilizar as informações no âmbito dos governos federal, estadual e municipal, proporcionando a transparência dos gastos das três esferas de Poder: Legislativo, Executivo e Judiciário.

Para facilitar o trabalho das unidades gestoras, o SIAFEM foi concebido para se estruturar por exercícios em que cada ano equivale a um sistema diferente como, por exemplo, SIAFEM2008.