Integram o Sistema de Controle Interno o Núcleo de Controle Interno - NCI - e todas as demais unidades pertencentes à estrutura organizacional do Tribunal de Contas.

O Sistema de Controle Interno do Tribunal de Contas visa orientar a Administração, preservando os interesses da Instituição e prevenindo a ocorrência de irregularidades, por intermédio do acompanhamento contábil, financeiro, orçamentário, operacional e patrimonial, consubstanciado na aplicação das técnicas de trabalho desenvolvidas no âmbito de cada unidade.

O Sistema de Controle Interno do Tribunal é o conjunto coordenado de métodos e práticas operacionais de gestão, empregadas por todas as suas unidades, de forma a enfrentar os riscos da organização e fornecer razoável segurança de que os objetivos e metas da instituição serão atingidos.