O diagnóstico psicopedagógico é uma investigação, ou seja, é uma pesquisa do que não vai bem com o paciente em relação a uma conduta esperada ao aprender e às situações de aprendizagem. Envolve o esclarecimento de uma queixa que vem por parte do mesmo, da família e, na maioria das vezes, da escola. O psicopedagogo clínico busca obter uma compreensão global da forma de aprender do paciente e dos aspectos que podem estar dificultando o processo de aprendizagem. Tem por objetivo colher dados significativos para formular a hipótese diagnóstica. Para isso, investiga e organiza diversos aspectos.

Weiss (1992) sugere a seguinte sequência diagnóstica e cita que a mesma pode ser modificada segundo as necessidades de cada caso: