A primeira etapa do Censo Escolar, denominada "Situação do Aluno", é responsável por coletar informações detalhadas sobre o rendimento dos alunos, incluindo a frequência e o desempenho acadêmico, na data de referência de 31 de maio.

O início da coleta do Censo Escolar é fixado para a última quarta-feira do mês de maio, momento no qual são levantadas informações sobre gestores e escolas, e a condição de aprovação ou reprovação dos alunos matriculados.

A segunda etapa do Censo Escolar visa registrar informações sobre a "Matrícula Inicial", na qual se incluem dados sobre o movimento escolar dos alunos, como transferências e evasão, com base na realidade das escolas em outubro.

A primeira etapa do Censo Escolar realiza-se no "Dia Nacional do Censo Escolar" e abrange dados relativos a escolas, gestores, turmas, alunos e profissionais escolares em sala de aula, de acordo com a situação das escolas na última quarta-feira do mês de maio.

O Censo Escolar, ao longo de suas duas etapas, destina-se exclusivamente a coletar informações de instituições de ensino público, sendo que as escolas privadas declaram seus dados diretamente ao Sistema Educacenso ao final do ano letivo.