São Órgãos Colegiados o Conselho Superior e o Colégio de Dirigentes.

A organização geral do IFRS compreende os Órgãos Colegiados, a Reitoria e os campi.

A Reitoria é composta pelo Conselho Superior, Gabinete, Pró-Reitorias, Diretorias Sistêmicas, Auditoria Interna e Procuradoria Federal.

A Pró-Reitoria de Pesquisa, Pós-Graduação e Inovação faz parte da composição da Reitoria do IFRS.

O detalhamento da estrutura organizacional do Instituto Federal, as competências das unidades administrativas e as atribuições dos respectivos dirigentes serão estabelecidas no seu Regimento Geral.