O achado de linfócitos intraepiteliais em número elevado nas biópsias de mucosa duodenal, apesar de comum nos casos de doença celíaca, não apresenta valor diagnóstico.

Mesmo se os achados histológicos forem compatíveis com o diagnóstico de doença celíaca, outra causa, como o “spru tropical”, deverá ser fortemente considerada, já que a doença celíaca é rara em adultos.

A intolerância à lactose é comum em portadores de doença celíaca e seu diagnóstico pode ser difícil, já que as alterações histológicas são semelhantes nas duas doenças.

Além dos achados histológicos típicos, a microscopia da mucosa duodenal na doença celíaca também pode mostrar número mais elevado de plasmócitos, mastócitos e eosinófilos, especialmente nas porções mais superiores da lâmina própria.