São complicações freqüentes em ambos os sexos: endocardite e meningite.

No homem, a orquiepididimite pode levar à esterilidade.

Na mulher, pode ocorrer uma infecção ascendente das trompas e dos ovários, chamada doença inflamatória pélvica.

Na mulher, a oclusão tubária pode ocorrer em 10% dos casos, sendo responsável por infertilidade.

Em cerca de 2% dos pacientes não-tratados, pode ocorrer a gonorréia disseminada.