As três esferas de governo possuem responsabilidades compartilhadas na coordenação do SNVS.

A Vigilância Sanitária segue um modelo de atuação integrada entre as três esferas de governo, sendo as decisões centralizadas no ente federal (Anvisa).

Os órgãos estaduais de Vigilância Sanitária, na sua maioria, são unidades ligadas à administração direta, coordenam os sistemas estaduais e municipais e executam as principais ações de fiscalização do sistema nacional, além da cooperação técnica aos municípios.

No âmbito do SNVS, compete à União prestar cooperação técnica e financeira aos estados, ao Distrito Federal ou aos municípios.

A autonomia concedida pela lei, na criação da Anvisa e de seu contrato de gestão, exclui essa autarquia das diretrizes estabelecidas para o Sistema Público de Saúde na relação com os demais entes da Federação, dos estados e dos municípios.