As bactérias gram-negativas retêm o complexo cristal violeta-iodo, corando-se de violeta ou púrpura ao final da coloração de Gram.

As bactérias gram-positivas retêm o complexo cristal violeta-iodo, corando-se de violeta ou púrpura ao final da coloração de Gram.

A parede celular das bactérias gram-positivas é mais delgada, não retendo o corante básico cristal violeta-iodo. Depois de descoradas pelo álcool, elas adquirem a cor do contracorante, corando-se de vermelho ao final da coloração de Gram.

A parede das bactérias gram-negativas é composta por membrana externa, lipopolissacarídeo, lipoproteínas e uma espessa camada de peptidoglicano.

A parede celular das bactérias gram-negativas é mais espessa, retendo o corante básico cristal violeta-iodo, permanecendo azuis ou violeta ao final da coloração de Gram, pois não descoram pelo álcool.