O sistema de capitanias hereditárias, instituído com base na concessão de extensos lotes territoriais, conferiu aos donatários prerrogativas administrativas e jurídicas significativas. Embora atuassem sob normas gerais estabelecidas pela Coroa, dispunham de margem de gestão local que, em certos casos, ampliou a percepção de relativa autonomia no exercício do poder.

O pacto colonial consolidou-se como um conjunto de práticas econômicas e regulatórias que subordinavam a colônia aos interesses metropolitanos, impondo limites à circulação de mercadorias, ao comércio externo e ao desenvolvimento de atividades produtivas autônomas, práticas que buscavam garantir o controle fiscal e monopolista da Coroa portuguesa.

A escravização indígena foi tema de intensos debates no período colonial e, apesar de restrições legais terem sido promulgadas desde o século XVI, a prática continuou ocorrendo sob diferentes justificativas, como guerras justas ou acusações de antropofagia, evidenciando contradições entre a legislação e o cotidiano colonial.

A instituição do governo-geral, criada para fortalecer a presença régia e promover maior coordenação administrativa, acabou sendo interpretada por parte da historiografia como responsável por fragmentar ainda mais o território colonial, uma vez que teria reduzido a capacidade de articulação entre as capitanias ao concentrar decisões nas autoridades locais.

As missões jesuíticas, além de promoverem a catequese e a organização das populações indígenas convertidas, exerceram influência direta sobre processos de ocupação territorial, rotas de deslocamento, definição de aldeamentos e introdução de atividades econômicas, atuando como agentes importantes na integração e controle de espaços coloniais.