Os órgãos de direção da PMTO são constituídos pelas Unidades Policiais Militares – UPM – encarregadas de executar as atividades-fim da Corporação em determinada área ou especialidade.

Compete aos órgãos de direção, dentre outras funções, a coordenação, o controle, a fiscalização e a atuação dos órgãos de apoio e os de execução.

Os órgãos de execução realizam e assessoram a atividade-meio da Corporação, atendendo às necessidades administrativas, de assessoramento técnico, de pessoal, de ensino e instrução, de semoventes e de material da PMTO, atuando em cumprimento às diretrizes e ordens dos órgãos de direção.

Os órgãos de apoio são constituídos pelas unidades operacionais da Corporação e realizam as atividades-fim da PMTO; cumprem as missões ou a destinação da Corporação, executando as diretrizes e ordens emanadas dos órgãos de direção, amparados pelos órgãos de apoio.

O Estado Maior, responsável superior pelo comando, pela administração e pelo emprego da Corporação, é nomeado por ato do Chefe do Poder Executivo, dentre os Coronéis da ativa diplomados em Curso Superior de Polícia, pertencentes ao Quadro de Oficiais Policiais Militares – QOPM – do Estado do Tocantins.