A separação entre a cavidade nasal e a orofaringe é propiciada pela elevação da laringe.

Entre a faringe e o esôfago, a separação é promovida pelos músculos constritor faríngeo inferior e cricofaríngeo, que se abrem para a passagem do bolo da faringe para o esôfago.

Na fase faríngea da deglutição ocorrem dois mecanismos: o mecanismo propelente que empurra o bolo para o esôfago e o mecanismo de válvula, que interrompe a conexão entre as estruturas.

Durante a deglutição, a mastigação e a respiração são interrompidas.

Para uma deglutição eficiente é fundamental o vedamento anterior da cavidade oral.