A utilização de agentes antimicrobianos na limpeza da gengiva pode modificar a flora bucal, favorecendo o desequilíbrio da microbiota e o possível desenvolvimento de algumas doenças oportunistas.

Por meio da descamação da gengiva, a higiene bucal de bebês poderia remover anticorpos provenientes do leite materno e que ficam depositados na mucosa oral do bebê, interferindo na sua imunidade. Não há nenhuma barreira mecânica na boca do bebê, assim, a saliva consegue realizar o papel de lavar os resíduos de leite.

Uma justificativa para a não realização da higiene na fase pré-eruptiva é o fato de que nem sempre as mãos que realizam a higienização estão limpas.

A Associação Brasileira de Odontopediatria está de acordo com as associações nacionais e internacionais de Pediatria e de Odontopediatria que recomendam o uso de dentifrício sem flúor para a escovação dos dentes do bebê. Essa recomendação se dá devido à toxicidade desse produto para crianças menores de três anos de idade. Para crianças acima dessa idade ou que já saibam cuspir a espuma causada pela pasta, o flúor é liberado.