Uma vez determinado o exame pericial, admite-se, em qualquer fase da persecução, a formulação de quesitos e a indicação de assistente técnico pelo MP, pelo assistente de acusação, pelo ofendido e pelo acusado.

O comparecimento da testemunha, caso seja militar ou funcionário público, será requisitado ao respectivo chefe ou à autoridade superior a que estiver subordinada. Se a testemunha tiver patente superior à do presidente do Conselho Permanente de Justiça, a requisição de comparecimento e o interrogatório deverão ser realizados, em juízo, por intermédio da autoridade militar a que essa testemunha estiver imediatamente subordinada.

A oitiva de testemunha arrolada pelo MPM e que resida em outra circunscrição judiciária militar será realizada por meio de carta precatória e, embora o fato de haver esse tipo de testemunha a ser ouvida não suspenda a instrução criminal, ficam condicionados à colheita de seu depoimento o prazo para oferecimento do rol de testemunhas de defesa e a oitiva dessas testemunhas.

Conforme disposição do CPPM, o interrogatório do réu é ato privativo do juiz, não podendo haver interferência das partes, em qualquer de suas etapas. Caso o réu esteja preso, o interrogatório será realizado em sala própria, no estabelecimento em que o preso estiver recolhido, desde que estejam garantidas a segurança do juiz, do membro do MP e dos auxiliares, bem como a presença do defensor e a publicidade do ato.

O exame pericial poderá ser determinado pela autoridade policial militar, pela autoridade judiciária, ou, ainda, requerido por qualquer das partes, vedando-se ao juiz e à autoridade policial militar o seu indeferimento, salvo em caso de exame de corpo de delito.