Rações e água fornecidas aos animais deverão ser submetidas à testes físico-químicos para a avaliação da presença de microrganismos.

Em ambiente SPF a frequência de testes microbiológicos deve ser a cada 4 meses e de um mês para o ambiente gnotobiótico.

Um resultado negativo para um determinado teste microbiológico significa que o microrganismo monitorado não está presente nos demais animais de uma unidade de criação.

Em um ambiente de biotério convencional a frequência de testes microbiológicos é adotada apenas quando se faz a desinfecção do ambiente das salas de animais. Isso acontece apenas uma vez ao ano.

Os testes microbiológicos devem ser adotados periodicamente em todo o ambiente, envolvendo as salas (parede, teto, piso, ar filtrado, estante, mesa de serviço, luminárias, maçanetas etc.), salas de estoque de material limpo, equipamentos e insumos.