O PNS é o instrumento balizador para o planejamento, monitoramento e avaliação das políticas e programas do Ministério da Saúde.

Ele deve orientar a atuação da esfera federal em sua coordenação do Sistema Único de Saúde (SUS), estabelecendo as diretrizes, prioridades, metas e indicadores.

É importante que o PNS esteja alinhado com as demais iniciativas e instrumentos governamentais, tal como o Plano Plurianual (PPA), a Lei de Diretrizes Orçamentárias (LDO) e a Lei Orçamentária Anual (LOA).

O Plano Nacional de Saúde deve embasar não apenas a orientação estratégica do Ministério da Saúde, como também a gestão em todos os seus níveis.

É importante destacar que o Plano não é dinâmico e o processo de revisão tem como objetivo trazer uma reflexão, mas não possibilita a correção de erros de concepção ou a readequação do escopo do planejamento, com base no contexto atual.