A presença de aeróbios termófilos em grande número está relacionada com a qualidade higiênica da matéria prima ou com processamento térmico insuficiente.

Em muitos casos, como nos alimentos processados, a contagem padrão de aeróbios demonstra o nível geral de higiene durante a fabricação, as condições de armazenamento e transporte, etc. daquele alimento, enquanto em produtos não processados pode ser indicador da qualidade do alimento.

Nos alimentos processados termicamente ou não, submetidos a operações que visam à prevenção de deterioração, como acidificação artificial ou redução de atividade de água, a presença de pequenos números de anaeróbios mesófilos não tem significância em relação ao risco potencial de deterioração.

A presença de anaeróbios estritos psicotróficos em queijos de leite pasteurizado pode significar processamento térmico em temperatura e/ou tempo abaixo do requerido; a elevação do seu número em queijos fabricados com leite cru está sempre associada a uma estocagem prolongada em ambientes úmidos, abafados e que apresentam temperatura entre 18ºC a 21ºC.