Assegurado pela autonomia administrativa do Poder Judiciário, o presidente do CNJ poderá enviar mensagem ao Congresso Nacional contendo proposta de alterações no projeto de Lei Orçamentária Anual, na parte relativa às despesas previstas para o pagamento de pessoal da instituição, desde que não tenha sido iniciada a votação, na comissão mista, da parte cuja alteração é proposta.