As proteínas possuem cargas positivas e negativas devidas a diversos grupos químicos presentes nestas macromoléculas.

No pH correspondente ao ponto isoelétrico, as cargas positivas e negativas das partículas são de mesmo número e a carga líquida é, portanto, igual a zero.

Quando o pH está acima do ponto isoelétrico, predominam as cargas negativas.

Quando o pH está abaixo do ponto isoelétrico, as partículas se comportam como cationtes, dirigindo-se para o cátodo.

A velocidade de migração das partículas é inversamente proporcional ao número de cargas elétricas livres.