Pode-se destacar Klebsiella pneumoniae, Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter baumanni e Staphylococcus como algumas das bactérias mais relevantes na infecção hospitalar.

Para que se caracterize uma infecção hospitalar, é necessário que o agente etiológico seja adquirido no hospital.

Embora todos os tipos de microrganismos conhecidos, incluindo os “príons”, possam se envolver na gênese das IH, os fungos constituem os agentes etiológicos predominantes nesse tipo de infecção.

Embora a participação das bactérias na IH seja bem inferior se comparada aos fungos, as ocorrências vêm aumentando de forma progressiva, em razão de dois fatores em especial: o uso mais frequente de imunossupressores e o uso indiscriminado de antimicrobianos.

Pode-se destacar o gênero Trichosporon beigelli como o mais identificado, mas o Malassezia furfur e outros fungos filamentosos têm sido encontrados com regularidade em pacientes hemato-oncológicos.