Na determinação do número de bactérias por métodos diretos, pode-se, por exemplo, medir a atividade metabólica através da quantidade de um produto metabólico, como um ácido ou CO₂.

A determinação do número de bactérias por método indireto, como a contagem em placas, pode ser feita pela incorporação em placa ou esgotamento em placa.

As contagens em placas consideram que cada bactéria viva cresce e se divide para produzir uma única colônia. Isso não é sempre verdadeiro, pois as bactérias frequentemente crescem unidas em agregados ou cadeias.

Pode-se realizar a contagem microscópica direta para determinação da turbidez, pela medida da quantidade de luz que atravessa uma suspensão de célula.

Para organismos filamentosos, como fungos, a medida do peso seco é um método inviável de determinação do crescimento.