O método teológico volta-se às forças abstratas. Já no metafísico, em que impera a busca pela unidade, a natureza é foco de análise. O método positivo, por sua vez, visa ao conhecimento das leis gerais.

Segundo Comte, o sistema teológico é perfeito porque conduz a multiplicidade à unidade; o metafísico é imperfeito, pois se perde nos elementos da natureza; e o positivo é relativo, já que busca uma perfeição jamais alcançada.

O princípio da ordem e progresso aparece nos três sistemas ou nas três filosofias e em seus métodos correspondentes. No primeiro, o teológico, a ordem e o progresso dizem respeito aos deuses; no segundo, o metafísico, trata-se de ordenar o conhecimento da natureza em busca de seus princípios sempre abstratos; no terceiro, o positivo, a ordem e o progresso ligam-se ao exercício da razão especulativa.

Os três sistemas e métodos descritos por Comte – o teológico, o metafísico e o positivo – traduzem a noção de história. A evolução histórica não pode ser determinada; seu fim é incerto.

Os três métodos do filosofar correspondem a três sortes de filosofia, que se excluem mutuamente: a primeira é o ponto de partida necessário da inteligência humana; a segunda serve apenas de transição; e a terceira é seu estado fixo e definitivo.