Comparativamente à pelve, o diagnóstico diferencial do sexo é mais bem realizado pelo crânio, tanto pela sua constituição quanto pela realização de mensurações convencionais.

Glabela e arco superciliares salientes são características observadas em crânios femininos.

Crânio pesado com apófises mastoides e estiloides menores e côndilos occipitais curtos e largos são características observadas em crânios masculinos.

Fronte vertical, articulação frontonasal curva e mandíbula mais achatada são características observadas em crânios femininos.

O Índice de Baudoin é um dos métodos antropométricos que pode ser realizado para estimar o sexo pelo crânio, sendo obtido pela relação entre a largura do forame magno e seu comprimento.