A água das chuvas, por meio da erosão e escoamento superficial, leva agrotóxicos e produtos químicos para os rios, córregos e sangas, especialmente quando o uso desses produtos foi indiscriminado, sobretudo no meio rural.

Em áreas compactadas, quer seja pelo preparo excessivo do solo, quer pelo uso de máquinas pesadas, e mesmo pelo pisoteio de animais, a infiltração é bem maior que em áreas florestais adjacentes.

A existência de mata ciliar facilita o escoamento superficial, bem como o carreamento de sedimentos para o sistema aquático, contribuindo, dessa forma, para a manutenção da qualidade da água nas bacias hidrográficas.

Pelo desenvolvimento e manutenção de um emaranhado radicular, as matas ciliares criam, próximas aos rios, áreas menos estáveis, que podem erodir com maior facilidade.

A floresta se constitui no tipo de vegetação que menos filtra a água, possibilitando um aumento na turbidez da água e propiciando condições ótimas para o processo fotossintetizante das algas produtoras de oxigênio.