A quantificação inicial da carga viral do HSV-1 >20.000 cópias/mL tem correlação direta com prognóstico neurológico, indicando extensão do aciclovir para 21 dias independente da evolução.

O padrão de predomínio linfocítico com proteina elevada requer exclusão de encefalite autoimune anti-NMDAR secundária através de nova pesquisa de autoanticorpos após 14 dias.

A persistência de PCR positivo no líquor após 14 dias de aciclovir indica resistência viral, sendo necessária genotipagem da timidina quinase e switch para foscarnet.

O clearance viral liquórico <0,5 log de redução após 7 dias de tratamento está associado a maior risco de recidiva precoce, justificando profilaxia com valaciclovir oral.

A presença de pleiocitose >300 células associada à carga viral elevada tem especificidade de 95% para primo-infecção herpética quando excluídas causas autoimunes.