Os vírus são considerados acelulares e, por isso não são estudados na microbiologia.

Bactérias podem ser usadas para reduplicar DNA na forma de um plasmídeo. Esse DNA é frequentemente modificado quimicamente in vitro e então inserido em outros organismos.

Um gene repórter é usado para levar a informação genética de bactérias do tipo Archaea para Eubactérias.

Bactérias podem ser usadas para a produção de grandes quantidades de organelas celulares, que podem ser inseridas em células danificadas.

O sistema de hibridação em levedura combina genes de levedura diferentes e os insere em bactérias anaeróbicas, para estudar interações proteicas em um ambiente celular.