Não há diferença, ambos os termos significam a mesma coisa.

A ciclovia é exclusiva para ciclistas, enquanto a ciclofaixa pode ser compartilhada com outros veículos.

A ciclofaixa é uma via exclusiva para ciclistas, enquanto a ciclovia pode ser compartilhada com pedestres.

A ciclovia é pintada em cores diferentes das demais faixas da via, enquanto a ciclofaixa não pode ser sinalizada.