O cadastramento e a manutenção dos dados cadastrais no CNES são de responsabilidade do Ministério da Saúde, por meio de seus responsáveis técnicos ou responsáveis administrativos.

Uma das finalidades do CNES é a de cadastrar e atualizar as informações sobre estabelecimentos de saúde e suas dimensões, como recursos físicos, trabalhadores e serviços.

É finalidade do CNES ser instrumento de indução política ou mecanismo de controle, constituindo-se como um cadastro que permita a representação mais fidedigna das realidades locorregionais.

Compete à Secretaria Federal de Saúde, na esfera federal, em relação ao CNES, dispor sobre as terminologias e classificações necessárias para o cadastramento de estabelecimentos de saúde.