O valor de referência para o custeio do Cbaf, em 2021, foi de R$ 5,85 habitante/ano.

Os recursos para custeio do Cbaf são reajustados de acordo com o IPCA oficialmente divulgado.

A responsabilidade pelo seu financiamento é tripartite, sendo que o governo federal repassa recursos aos municípios com base no Índice de Desenvolvimento Humano Municipal (IDMH).

O financiamento do Cbaf é de responsabilidade do município, enquanto o Ministério da Saúde e o governo do estado financiam os Componentes Estratégico e Especializado.

Os recursos do Cbaf são administrados pelos estados e municípios com total autonomia, cabendo a cada um deles definir suas listas de medicamentos e formas de aplicação dos recursos.