Fenômenos climáticos de ampla magnitude e duração, como, por exemplo, o fenômeno El Niño – Oscilação Sul (ENSO), podem afetar negativamente os estoques pesqueiros de algumas espécies, em especial aquelas consideradas dependentes do aumento da produtividade na camada fótica da zona pelágica.

Por outro lado, alterações climáticas, de origem natural e/ou antrópica, que propiciem o aumento do aporte de água doce continental para zonas costeiras rasas, podem favorecer a reprodução e o recrutamento das seguintes espécies: