No tratamento por lodos ativados, a fonte de oxigênio necessário para o processo de remoção da matéria orgânica é mecanizada, enquanto em lagoas de estabilização o oxigênio é proveniente da atividade fotossintética das algas.

O tempo de detenção hidráulico do sistema de lagoas de estabilização é relativamente menor comparado ao do sistema de lodos ativados.

O maior inconveniente do sistema de lodos ativados é a geração de odores devido à predominância de anaerobiose existente no processo de remoção da matéria orgânica.