Se, no curso do inquérito, o encarregado deste verificar a existência de indícios contra oficial de posto superior ao seu, ou mais antigo, nada obsta que ele conserve consigo a delegação e prossiga nas investigações até o encerramento do IPM.

O IPM tem o caráter de instrução provisória, cuja finalidade precípua é a de ministrar elementos necessários à propositura da ação penal, sendo, porém, efetivamente instrutórios da ação penal exames, perícias e avaliações realizados regularmente no curso do inquérito, por peritos idôneos e com obediência às formalidades previstas no CPPM.

Se o IPM concluir a inexistência de crime ou de inimputabilidade do indiciado, a autoridade militar que mandou instaurar o inquérito deve arquivá-lo, sob pena de prevaricação.

Ainda que o auto de flagrante delito seja, por si só, suficiente para a elucidação do fato e da respectiva autoria, deve ser sempre instaurado o IPM, porque se trata de peça indispensável para o oferecimento da denúncia pelo Ministério Público Militar.