As análises proteômicas são baseadas na investigação do repertório proteico de uma célula, tecido ou organismo em determinadas circunstâncias. O programa MASCOT permite uma busca por dados que integram massas moleculares de peptídeos gerados por digestão proteolítica das proteínas e a combinação destas massas com as sequências de aminoácidos. Porém, seu poder analítico se limita a comparar os dados experimentais com bancos de dados contendo proteínas já anotadas. Uma vantagem do sistema de bioinformática de busca de identidade de peptídeos baseada no genoma (conhecida como Genome-based peptide fingerprint scanning - GFS) sobre o MASCOT se baseia em: