Na agricultura sustentável, são usados agrotóxicos para combater pragas e doenças, o que é fundamental para que a produção seja viável, embora cause poluição do solo e de corpos d'água.

Ao contrário dos agrotóxicos, principais causadores da degradação do solo, os adubos químicos são absorvidos pelas plantas e, por isso, não contaminam o solo nem a água.

O modelo agroflorestal é ideal para a proteção da biodiversidade do solo, pois impede o efeito de queimadas e os impactos do desmatamento e dos agrotóxicos.

Resíduos de agrotóxicos possuem elevada mobilidade no solo, motivo pelo qual facilmente contaminam o lençol freático, porém produzem efeitos reduzidos na biodiversidade de organismos nas camadas superficiais do solo.

Os agrotóxicos fragilizam e reduzem a fertilidade do solo com o tempo, além de poderem diminuir a biodiversidade e ocasionar acidez do solo.