A análise de fitólitos é feita a partir de amostras de vegetais, de solo ou de material arqueológico. A extração dos fitólitos desses materiais é um processo delicado, com etapas físicas e químicas complementares que só podem ser realizadas em um laboratório especializado e bem equipado. A aplicação de substâncias químicas agressivas para purificação das amostras requer o uso de equipamentos seguros para sua manipulação, como: